John G. Stoessinger wurde am 14. Oktober 1927 in Wien als Sohn einer Familie des jüdischen Mittelstands geboren. Nach der Annexion Österreichs im März 1938 flüchtete er mit seiner Mutter zu deren Eltern nach Prag; sein Vater war nach Palästina emigriert, wo er bereits 1939 verstarb. Im März 1941 floh die Familie - die Mutter hatte sich inzwischen wiederverheiratet - aus dem besetzten Prag über die Sowjetunion und Japan (Kobe) nach Shanghai, wo Stoessinger eine englische Schule besuchen konnte. 1947 emigrierte er weiter in die Vereinigten Staaten; seine Mutter und sein Stiefvater folgten 1949. Am Grinnell College, Iowa, begann John Stoessinger mit dem Studium der Politologie und erwarb dort 1950 seinen B.A. In Harvard, wo er vor allem bei Sigmund Neumann hörte, folgte 1952 der M.A. und 1954 der Ph.D. Nach Lehrtätigkeiten, unter anderem am Massachusetts Institute of Technology, lehrte John Stoessinger von 1957 an Politische Wissenschaften am Hunter College der City University of New York, seit 1964 als Professor. 1969 leitete er das Seminar für Internationale Beziehungen an der Harvard University. Von 1967 bis 1974 war er Acting Director der Abteilung für Politische Angelegenheiten der UN; er ist Mitglied des Council on Foreign Relations. Zu seinen wissenschaftlichen und politischen Ämtern kommt eine ausgedehnte Vortragstätigkeit, auch im Rundfunk und Fernsehen. Heute lehrt Stoessinger, der in Encinitas, Kalifornien, lebt, Globale Diplomatie (Global Diplomacy) an der Universität von San Diego, Kalifornien.

John G. Stoessinger hat 10 Bücher zum Thema internationale Beziehungen veröffentlicht, darunter „The United Nations and the Superpowers“ (New York 1965) und Nations at Dawn: China, Russia, and America (1. Aufl. New York 1971 unter dem Titel „Nations in Darkness“). Sein Buch „The Might of Nations: World Politics in Our Time“ (New York 1961) erhielt 1963 den Brancroft-Preis der Columbia University für das beste Buch des Jahres 1962 und liegt in 10. Auflage vor. Der Titel „Why Nations Go to War“ (New York 1974) ist 2007 gleichfalls in 10. Auflage erschienen.
Stoessinger wurde vielfach ausgezeichnet, unter anderem 1970 mit der Ehrendoktorwürde für Recht des Grinnell College, Iowa, und 2007 mit dem Ehrendoktor für Humanwissenschaften der Drury University, Springfield, Missouri.

Der dem Deutschen Exilarchiv übergebene Vorlass enthält unter anderem Lebensdokumente zu Stoessingers Exil in Shanghai, wie Schulzeugnisse der Public & Thomas Hanbury School for Boys, und zahlreiche Fotografien.
Unter den Unterlagen befinden sich auch Briefe und Dokumente des japanischen Diplomaten Ryoichi Manabe, den die Stoessingers auf der Flucht aus Prag im Transsibirien-Express kennenlernten; als japanischer Konsul in Shanghai ermöglichte er ihnen ein Leben außerhalb des jüdischen Ghettos in Hongkew, das nach Pearl Harbour errichtet wurde und unter der direkten Kontrolle des japanischen Militärs stand.
In seinem autobiografischen Essay „Good Men in Dark Times: a Story of Moral Herois“ erinnert Stoessinger an Ryoichi Manabe, den er 1995 in Tokio wiedertraf, wie an Chiune Sugihara, den japanischen Konsul in Prag, der der Familie ein Transitvisum für Japan besorgt hatte und ihnen damit das Leben rettete.
Der Vorlass enthält auch Belegexemplare aller Veröffentlichungen Stoessingers, darunter die maschinenschriftliche Fassung der Dissertation von 1953, die 1956 unter dem Titel „The Refugee and the World Community“ veröffentlicht wurde.
Unter den Unterlagen befinden sich auch 13 Briefe des mit Stoessinger befreundeten früheren US-Außenministers Henry Kissinger, der gleichzeitig mit ihm in Harvard studierte und dessen Politik John Stoessinger in seinem 1976 erschienenen Buch „Henry Kissinger: the Anguish of Power“ als Politiker und Wissenschaftler untersucht hat (New York 1976).