Von 1923 bis 1925 war er als „wissenschaftlicher Hilfsarbeiter“ im Reichsfinanzministerium in Berlin tätig, anschließend an der Universität Frankfurt am Main, zunächst als Assistent von Wilhelm Gerloff, von 1927 an als Privatdozent und 1932 als außerordentlicher Professor. Fritz Neumark zählte zu den ersten Wissenschaftlern, die aufgrund des „Gesetzes zur Wiederherstellung des Berufsbeamtentums“ vom 7. April 1933 aufgrund ihrer jüdischen Herkunft von der Universität vertrieben wurden. Mit Hilfe von Freunden konnte er bereits im Oktober 1933 eine Professur an der Universität Istanbul erhalten, wo er bis 1950 mit großem Erfolg lehrte und maßgeblich an der Universitätsreform Atatürks mitwirkte; auch unterstützte er die türkische Regierung bei der Einführung der Einkommenssteuer.
1952 wurde Fritz Neumark auf den Lehrstuhl für Finanzwissenschaft an der Johann Wolfgang Goethe-Universität berufen, den er bis zu seiner Emeritierung im Jahre 1970 innehatte; 1954/55 und 1961/62 war er Rektor der Universität. Von den Studenten wurde er geachtet, bewundert und gefürchtet, denn er stellte hohe Anforderungen. In Forschung und Lehre hat Neumark „das Konzept der gesamtwirtschaftlichen Nachfragesteuerung durch den Staatshaushalt popularisiert“; darüber hinaus hat er „in mehr als dreißigjähriger Beratungstätigkeit in den Wissenschaftlichen Beiräten des Bundeswirtschafts- und des Bundesfinanzministeriums für seine Vorstellungen von Finanzpolitik geworben. Das 1967 verabschiedete Stabilitätsgesetz wurde von ihm nicht unwesentlich geprägt“ (FAZ vom 19.7.1990). - Fritz Neumark hat eine Fülle von Büchern, Zeitschriften und Aufsätzen veröffentlicht, als Autor oder als Herausgeber, darunter das „Handbuch der Finanzwissenschaft“ (2. Aufl. 1952 ff.) und die Zeitschrift „Finanzarchiv“. Über die Emigrationsjahre in der Türkei hat er in seinem autobiografischen Buch „Zuflucht am Bosporus: deutsche Gelehrte, Politiker und Künstler in der Emigration 1933-1953“ (1980) berichtet.

Neumark wurde vielfach ausgezeichnet, etwa mit dem Großen Bundesverdienstkreuz mit Stern und Schulterband und der Wilhelm-Leuschner-Medaille des Landes Hessen. Am 9. März 1991 ist Fritz Neumark in Baden-Baden verstorben.

Das Deutsche Exilarchiv 1933–1945 stand seit der Ausstellung „Die jüdische Emigration aus Deutschland: die Geschichte einer Austreibung“ (1985) in steter Verbindung mit Professor Neumark; er hatte zu dieser Ausstellung den einleitenden Vortrag gehalten und Leihgaben zur Verfügung gestellt. Sein umfangreicher Nachlass wurde dem Deutschen Exilarchiv übergeben und steht hier der Forschung zur Verfügung.