Werner Berthold wurde 1921 in Auerbach im Vogtland geboren. Er studierte an der Universität Leipzig Geschichte, Literatur und Philosophie, wandte sich dann jedoch schon bald dem Bibliothekswesen zu. 1953 wurde er mit einer Arbeit über E.T.A. Hoffmann promoviert.

Nach Stationen an der Sächsischen Landesbibliothek in Dresden und der Deutschen Staatsbibliothek in Berlin war er von November 1957 bis März 1984 an der Deutschen Nationalbibliothek tätig. Von 1959 an leitete er dort das heutige Deutsche Exilarchiv 1933–1945. Werner Berthold hat die von Hanns W. Eppelsheimer, dem ersten Direktor der Deutschen Bibliothek, Ende der 1940er Jahre gemeinsam mit Exilierten in der Schweiz begründete "Emigrantenbibliothek" weiter ausgebaut und den Weg für die international anerkannte Sammel- und Forschungsstätte bereitet, die das heutige Deutsche Exilarchiv 1933–1945 darstellt.

Seine 1965 eröffnete Ausstellung "Exilliteratur 1933–1945" gab wesentliche Impulse zur Erforschung des deutschsprachigen Exils in der Bundesrepublik Deutschland. Aus der "bibliothekarischen Passivität herauszutreten [...] und das Material sozusagen den Wissenschaftlern unübersehbar in den Weg zu legen", sei ein Ziel der Ausstellung gewesen, formulierte Werner Berthold im Rückblick. In einer Zeit, in der die Themen Exil und Emigration in der Bundesrepublik Deutschland noch wenig erforscht und weitgehend ausgeblendet waren, keine Selbstverständlichkeit.

Mit weiteren Ausstellungen und Veröffentlichungen und durch seine Mitarbeit in Fachgremien gab Werner Berthold der Exilforschung auch in den folgenden Jahren wichtige Anstöße. So war das Deutsche Exilarchiv 1933–1945 an den Gemeinschaftsprojekten zur Erschließung der politischen und literarischen Quellen des deutschsprachigen Exils beteiligt und durch Werner Berthold 1972 auf dem "II. Internationalen Symposium zur Erforschung des deutschsprachigen Exils nach 1933" in Kopenhagen vertreten – wichtige Meilensteine in der Geschichte der Exilforschung.
Auch nach seiner Pensionierung blieb Werner Berthold dem Deutschen Exilarchiv 1933–1945 der Deutschen Nationalbibliothek stets verbunden, wie seine zahlreichen Besuche des Hauses und der Veranstaltungen in der Bibliothek zeigten.

Am 29. März 2017 ist Werner Berthold in Frankfurt am Main verstorben. Die Deutsche Nationalbibliothek, besonders das Deutsche Exilarchiv 1933–1945 werden ihm immer ein ehrendes Andenken bewahren.